刺皮瘿螨属、刺瘿螨属和刺子瘿螨属瘿螨的系统发育关系研究(蜱螨亚纲:瘿螨总科)开题报告

 2023-02-19 08:02

1. 研究目的与意义、国内外研究现状(文献综述)

一、本课题的意义

研究结果将对后续瘿螨类群的分类与系统进化研究提供重要的参考;能够更加真实地反映瘿螨总科三个属(Aculops、Aculus、Aculodes)内部的亲缘关系;为后续深入探究瘿螨形态分类特征的祖衍顺序提供参考;对Aculops、Aculus、Aculodes三属的分类地位进行调整或验证。

二、国内外研究概况

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2. 研究的基本内容和问题

一、研究目标

以核基因与线粒体基因作为分子标记,重新构建系统发育树,期望能够有效地反映出Aculus、Aculops、Aculodes三个属之间真实的亲缘关系。

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3. 研究的方法与方案

一、研究方法

将采集或者交流获得的瘿螨样本用DNeasy Blood Tissue Kit(Qiagen)试剂盒进行单头标本的DNA提取;对以下片段进行PCR片段扩增:核28SrRNAD2-5区域、核28s rRNA D9-10区域、核18S rRNA、线粒体rRNA 12S、线粒体rRNA 16S及线粒体COI;测序后通过Muscle对序列做同源比对;使用贝叶斯法(Bayesian inference,BI)、最大似然法(maximum likelihood,ML)及最大简约法(maximum parsimony,MP)对瘿螨总科的系统发育树进行重新构建;用所获得的进化树来评估现行瘿螨总科分类系统中各分类阶元(科、属、族)的单系性,通过CONSEL使用似然法对各个分类阶元的单系假设进行评估;选择易于区分的、用于科级、亚科级和族级分类的特征作为祖征重建的对象,使用祖征重建(Ancestral character state reconstruction,ACSR)的方法对瘿螨的几个形态特征的进化历史及其寄主转移历史进行重建,通过系统发育分析结果对Aculus、Aculops、Aculodes三个属的分类地位进行调整或验证。

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4. 研究创新点

首次以通过核基因与线粒体基因作为分子标记的方法,通过贝叶斯法(Bayesian inference,BI)、最大似然法(maximum likelihood,ML)及最大简约法(maximum parsimony,MP)重新构建三个属间的系统发育树,进而用所得的进化树分析了解Aculus、Aculops、Aculodes三个属之间真实的亲缘关系,同时与现行的分类系统进行比对,观察分子鉴定所得到的结果是否与传统形态分类学存在冲突。

5. 研究计划与进展

一、研究计划

2018 年 12 月-2019 年 2 月:片段扩增、测序及数据整理;

2019 年 2月-2019 年 3 月:数据分析与调整;

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